Compte tenu de l'importance de relever les défis environnementaux, le Collège d’Europe a développé des directives et actions afin de limiter son impact sur l’environnement. Ces mesures ont été présentées dans un document regroupant les actions développées dans le cadre des activités d'enseignement et de formation et présentant également la politique environnementale générale du Collège.
Le Collège développe des mesures afin de garantir, lorsque cela est possible, la durabilité de son matériel, la consommation responsable, la réduction des déchets et le transport écologique. En outre, le campus de Bruges du Collège d'Europe est alimenté en gaz par la société Lampiris, 100% verte. A partir de janvier 2015, son électricité est à 100% d'origine renouvelable grâce à un contrat avec EDF Luminus.