Le programme académique en Études européennes interdisciplinaires est adapté aux évolutions économiques, politiques et sociales, ainsi qu'aux progrès technologiques, et ce chaque année.

Spécialisation Sécurité et stratégie européennes : La spécialisation Sécurité et stratégie européennes (ESSST) a été conçue en réponse au besoin croissant, en Europe, de réflexion stratégique et d’expertise dans les multiples dimensions de la sécurité. Le programme aborde certains des défis contemporains les plus pressants pour l’Europe et l’Union européenne. La spécialisation sera mise en œuvre sur l’ensemble de l’année académique, pendant les deux semestres. À l’issue de la spécialisation, les étudiants recevront un diplôme en Études européennes interdisciplinaires avec la mention « Sécurité et stratégie européennes ».

Au deuxième semestre, les étudiants de Natolin qui ne sont pas inscrits dans le parcours d’études « Sécurité et stratégie européennes » peuvent choisir l'une des quatre filières thématiques, personnalisables en fonction des intérêts des étudiants :

Affaires publiques et politiques de l'Union européenne	L'Union européenne et le monde
L'Union européenne dans l'Europe élargie et ses voisins	Histoire et civilisation européennes

Programme d’Études régionales européennes : Au cours des deux semestres, les étudiants auront accès à une offre de formation centrée sur les études régionales, en complément de l’orientation thématique retenue dans le cadre de leur majeure ou au sein de l’ESSST. Le programme d’Études régionales européennes leur permettra de développer une analyse interdisciplinaire des dynamiques politiques, économiques, sociales, culturelles et historiques propres à certaines aires géographiques, en particulier l’Europe centrale et orientale.